中国近现代教会历史中，三自体系与家庭教会的发展始终是无法绕开的议题。对于这个问题，不同背景的基督徒往往有不同看法。有些人强调三自体系在特殊历史环境中的存在意义，也有许多人认为三自体系在教会论和权柄问题上存在严重张力。无论持何种立场，基督徒都应当回到圣经本身，而不是仅仅依据传统、情感或者政治立场来判断。因为对于教会来说，最终的问题不是人怎么看，而是神的话怎样说。
归正神学始终坚持一个最根本的原则，就是教会属于基督。主耶稣在马太福音十六章说：“我要把我的教会建造在这磐石上。”请注意，这里不是说教会属于某个国家，也不是属于某个组织，更不是属于某个领袖，而是属于基督自己。保罗在以弗所书中进一步说明，基督是教会的元首，教会是祂的身体。整本新约不断强调，教会最高的治理权和最终权柄来自基督。
因此，归正神学首先关注的问题不是教会规模有多大，也不是社会评价如何，而是教会是否真正承认基督的元首地位。历史上宗教改革之所以发生，其中一个重要原因正是改教家认为当时的教会已经让其他权柄凌驾于基督之上。无论是教皇、教会传统还是会议决定，只要被提升到与神的话同等甚至更高的位置，改革宗都会提出严肃质疑。
也正是在这个层面上，许多归正神学家对三自体系提出疑问。因为从教会论角度来说，教会究竟应当向谁负责，是一个极其重要的问题。如果教会在讲道、治理、事工方向以及重要决策上，必须受到外部行政体系的持续影响，那么就会产生一个神学上的张力：究竟谁拥有最终权柄？
新约圣经中，使徒们面对类似问题时曾经说过一句著名的话：“顺从神，不顺从人，是应当的。”这句话并不是鼓励基督徒反抗政府，而是在说明一个基本原则：当人的要求与神的命令发生冲突时，神的权柄高于人的权柄。
归正神学历来承认国家权柄来自神。罗马书十三章明确教导信徒应当顺服在上掌权者。彼得前书也教导基督徒尊敬君王。因此，归正神学从来不是无政府主义，也从来不反对爱国情怀。然而归正神学同时强调，国家与教会拥有不同的职分。
国家负责维护社会秩序，教会负责传讲福音。国家掌管刑罚权，教会掌管天国钥匙的职分。国家管理公共事务，教会管理属灵事务。当这两个领域被混淆的时候，问题就会出现。
加尔文在《基督教要义》中曾详细讨论过这一问题。他认为神设立了两个不同领域的治理：一个是政治治理，一个是属灵治理。两者都来自神，但两者不能互相取代。国家不能成为教会，教会也不能成为国家。
因此，许多归正神学家担忧的是，当教会在某些重要事务上失去独立性的时候，教会是否还能完全按照圣经来运作。
第二个经常被讨论的问题，是唯独圣经原则。宗教改革提出“五个唯独”，其中最重要的基础之一就是唯独圣经。
唯独圣经并不意味着拒绝历史传统，也不意味着否定信经信条，而是强调圣经拥有最高权威。
所有制度必须接受圣经审查，所有传统必须接受圣经审查，所有组织也必须接受圣经审查，任何东西都不能凌驾于圣经之上。
归正神学家担心的是，当教会需要在不同权威之间作出平衡时，圣经是否仍然拥有最终解释权和决定权。
事实上，这个问题并不仅仅存在于中国。欧洲国教时代曾经出现过类似问题，中世纪罗马教会也曾出现类似问题，甚至许多自由派教会同样面对类似问题。
因此，这并不是一个单独针对某个体系的问题，而是历代教会都必须面对的试探。
第三个争议来自福音本身。新约教会最重要的使命是什么？主耶稣升天之前留下大使命：“所以你们要去，使万民作我的门徒。”
教会存在的首要目的不是文化建设，不是社会建设，不是政治建设，而是荣耀神和传扬福音。
当然，这并不是说基督徒不关心社会，也不是说教会不能参与公益事业。但当任何事情取代福音成为教会中心的时候，教会就会偏离自己的呼召。
保罗在哥林多前书说：“我曾定了主意，在你们中间不知道别的，只知道耶稣基督并他钉十字架。”使徒时代的教会之所以能够改变世界，不是因为他们拥有政治力量，而是因为他们忠心传讲福音。
因此，归正神学评价一个教会最重要的标准始终是：是否忠于福音？是否忠于圣经？是否正确施行圣礼？是否执行教会纪律？这也是《威斯敏斯特信条》和许多改革宗信条不断强调的内容。
当然，讨论这些问题时还必须避免另一个极端。有些人批评三自体系的时候，仿佛家庭教会就天然正确。这同样不符合事实，因为家庭教会同样可能偏离真理。
历史上许多异端恰恰出现在家庭聚会背景之中。有些家庭教会缺乏神学装备，有些家庭教会缺乏监督机制，有些家庭教会甚至形成领袖崇拜。因此问题从来不是“属于哪个体系”，问题始终是是否忠于圣经。
事实上，在现实当中，许多三自教会里面有真实爱主的弟兄姐妹，也有忠心讲道的牧者；而一些家庭教会里面也可能存在严重问题。
最终决定教会是否健康的，不是门口挂什么牌子，而是是否真正顺服神的话语。
归正神学之所以对教会论问题格外敏感，是因为教会在本质上不是人的组织，而是基督用宝血买赎的群体。以弗所书告诉我们，基督爱教会，为教会舍己。既然教会是基督重价买来的，那么教会就应当首先向基督负责。
因此，当归正神学讨论三自体系时，真正关心的核心并不是政治问题，而是教会论问题；不是爱国与否的问题，而是元首是谁的问题；不是组织形式的问题，而是权柄来源的问题；不是外在名称的问题，而是教会究竟按照谁的话语运作的问题。
对于今天的基督徒而言，最重要的并不是简单地站队，也不是轻易给别人贴标签，而是认真回到圣经面前。无论身处什么环境，无论属于什么背景的教会，都应当不断自我省察：我们是否真正尊基督为元首？是否真正以圣经为最高权威？是否真正以福音为中心？是否真正按照神的话语治理教会？
因为最终审判教会的不是历史学家，不是政治制度，也不是神学家，而是那位为教会舍命流血、如今坐在父神右边掌权的主耶稣基督。教会真正的复兴，不会首先来自制度改革，而是来自重新回到神的话语面前，承认基督是教会唯一的元首，并且甘心顺服祂永不改变的真理。
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